按照省政府“调高、调优、调新”要求，近年来，省科技成果转化专项资金加大对太湖流域产业结构调整的引导和支撑力度，着力培育战略性新兴产业，取得了显著效果。2004－2009年，省专项资金在太湖流域共安排项目338个，占项目总数的62.25%，省资助经费37.14亿元，引导社会投入391.3亿元。截止至2009年底，这338个项目已累计申请专利4439件，其中发明专利2283件；获授权专利2442件，其中发明专利770件；获软件著作权432件。制订技术标准1860件，其中国家和行业标准369件。实现销售收入1396.6亿元，利税254.34亿元，创汇64.28亿美元。
　　338个专项资金项目中，属于新能源、新材料、生物医药、节能环保、软件与服务外包、传感网等新兴产业项目近200项。其中，太阳能光伏、风能等部分产业在太湖地区已形成相对完整的产业链。常州市宏发纵横新材料科技有限公司是国内1.5兆瓦及以下风电叶片材料最大生产厂家之一，其承担的专项资金项目主要研发具有自主知识产权的2兆瓦以上用多轴向经编增强材料，重点突破低克重加密分纱编织技术和多经轴单独捆绑技术，产品填补国内空白，达到国际先进水平，打破该材料完全依赖进口的局面。苏州阿特斯阳光电力科技有限公司2007年承担了专项资金“低成本新型硅太阳能光伏电池产业化”项目，利用纯度低于常规太阳能硅材料2-3个“9”的精炼冶金硅制作低成本晶体硅电池片。目前，企业在精炼冶金硅含杂纵向分布统计方法和晶体生长技术改进、特殊晶片退火聚杂技术及新型电池片结构的设计等方面均有所突破，晶锭的有效长度利用率达65%、多晶电池片转换效率达14.8%。截止2009年底已累计完成产量57.17MW，实现销售收入6.86亿元。
　　近年来，省专项资金进一步加强了对太湖流域智能电网、纳米材料、新能源汽车等战略性新兴产业的支持。2009年专项资金共在新能源汽车产业布局项目7项，其中6项在太湖流域实施。苏州金龙“混合动力客车研发及产业化”项目研制的12米并联式混合动力已在苏州公交1路线上试运行，在此基础上将着力突破新型混联式混合动力系统核心技术，使混联混合动力客车节油效果≥30％，电功率比＞50％，达到国际先进水平，并在商务车领域填补国内空白。常州麦科卡已掌握了电动汽车制动能量回馈、电池大电流无损伤慢脉冲充电等特色技术，研制的总成主控制器、电池管理控制器适用范围覆盖微型纯电动车、小轿车和大客车，专项资金“电动汽车智能四驱动力总成研发及产业化”项目将以总成系统逐渐配套微型电动汽车为目标，最终实现与其他控制器行业配套。
　　省专项资金项目的组织和实施，有力支撑和推动了太湖流域经济发展方式转变和产业结构调整。2009年，太湖流域高新技术产业产值占规模以上工业比重达30%以上，主要污染物排放量和单位地区生产总值能耗、水耗进一步下降，流域生态环境进一步改善。